Сюжет полнометражного анимационного фильма «Кланнад» основан на одноименной японской компьютерной игре и рассказывает о жизни выпускника старшей школы Томоя Окадзаки, пережившего большую трагедию.

Лишившись матери в раннем возрасте Томоя воспитывался отцом, с которым у него совершенно отсутствует понимание. Смерть мамы отложила неизгладимый отпечаток на психике парнишки и привела к тому, что Томоя начал видеть странные, пугающие сны.

Эти сновидения сводят его с ума, а отсутствие близости с отцом приводит к еще большей отчужденности с ним и с окружающим миром. Томоя давно живет без особых эмоций, как робот. Он ходит в школу потому, что так надо, но часто опаздывает на уроки и не обращает внимание на преподавателей. Он живет в своем замкнутом мире и общается лишь с таким же одноклассником-неудачником Сунохарой. Лишь встреча с милой девчонкой Нагисой Фурукавой понемногу меняет жизнь Томоя, помогая ему понять самого себя и найти ответы на интересующие вопросы.